Os centrômeros são definidos por um único domínio de cromatina único caracterizado pela variante da histona H3, a proteína centrômero A (CENP-A), e garantem a segregação cromossômica adequada. A cromatina centromérica normalmente ocupa uma pequena sub-região de baixa metilação do DNA dentro de matrizes multimegabases de repetições de satélites alfa hipermetilados e heterocromatina pericêntrica constitutiva.