Os tecidos mineralizados são fundamentais no suporte mecânico e na proteção em vertebrados. Sua formação pelas células progenitoras durante o desenvolvimento permanece indefinida. Aqui, mostramos que o estabelecimento pós-natal dos dentes molares foi governado por um núcleo espacialmente organizado de progenitores CD24a ⁺/ Pax9 ⁺ que persistiram na idade adulta. As células CD24a ⁺ deram origem ao complexo dentina-polpa, enquanto as células Pax9 ⁺ geraram principalmente tecidos periodontais. Durante o desenvolvimento, guiado por PDGFB derivado do osso alveolar (fator de crescimento derivado de plaquetas, polipeptídeo B), as células CD24a ⁺/ Pax9 ⁺ gradualmente se concentraram na região apical durante a transição da transição transição coroa para a raiz, migraram coletivamente e raiz dentária formada. A ablação celular e o nocaute condicional de Want comprometeram notavelmente o estabelecimento dentário. O sequenciamento de RNA de célula única, Cut&tag e mapeamento espacial revelaram ainda mais características distintas das células CD24a ⁺/PAX9 ⁺ e sua organização celular. Por último, o núcleo CD24 ⁺/ PAX9 ⁺ também estava presente em dentes humanos, sugerindo-o como um programa de desenvolvimento conservado. Juntos, nosso trabalho ressalta o papel das células-tronco dentárias organizadas espacialmente no estabelecimento pós-natal de um órgão mineralizado modelo em mamíferos.