As proteínas da superfície celular são os principais biomarcadores de doenças e alvos terapêuticos, mas os métodos de alto rendimento para a descoberta de aptâmeros direcionados a essas proteínas in situ permanecem limitados. Apresentamos o reconhecimento de aptâmero e o sequenciamento cinético orientado por perturbação de uma única célula (SPARK-seq), uma plataforma de alto rendimento que integra RNA mensageiro de célula única e sequenciamento de aptâmero com perturbação de proteína de superfície baseada em CRISPR.