O frango é um modelo valioso para entender a biologia fundamental e a evolução dos vertebrados e é uma importante fonte global de proteína magra e rica em nutrientes. Apesar de ser o primeiro amniota não mamífero a ter seu genoma sequenciado, ainda falta uma caracterização sistemática da variação funcional no genoma da galinha. Aqui, integramos dados de sequenciamento de RNA em massa (RNA-seq) de 7.015 amostras, dados de RNA-seq de célula única de 127.598 células e 2.869 sequências de genoma completas para apresentar um atlas piloto de variantes regulatórias em 28 tecidos de frango. Este atlas revela milhões de efeitos regulatórios na expressão primária (genes codificadores de proteínas, RNA longo não codificante e exons) e modificações pós-transcricionais (splicing alternativo e poliadenilação alternativa da região 3' não traduzida). Destacamos mecanismos moleculares distintos subjacentes a essas variantes regulatórias, seu comportamento dependente do contexto e sua utilidade na interpretação de associações genômicas para 39 características complexas de galinhas. Finalmente, nossas análises comparativas da regulação gênica entre galinhas e mamíferos demonstram como esse recurso pode facilitar o mapeamento genético entre espécies de características complexas.