Os mamíferos apresentam uma diversidade proeminente na capacidade de regenerar o pavilhão auricular danificado, mas as alterações genéticas subjacentes à falha na regeneração permanecem indefinidas. Realizamos análises transcriptômicas espaciais e unicelulares comparativas de coelhos e camundongos se recuperando de danos no pavilhão auricular. A produção insuficiente de ácido retinóico (AR), causada pela deficiência da enzima limitadora do táxon Aldh1a2 e pela degradação aumentada do AR, foi responsável pela falha na regeneração do pavilhão auricular do camundongo. A ativação da suplementação de Aldh1a2 ou RA reativou a regeneração. A inativação evolutiva de vários elementos reguladores associados à Aldh1a2 foi responsável pela expressão deficiente de Aldh1a2 após lesão em camundongos e ratos. Além disso, a ativação de Aldh1a2 por um único potenciador de coelho foi suficiente para melhorar a regeneração do pavilhão auricular em camundongos transgênicos. Nosso estudo identificou uma mudança genética envolvida na evolução da regeneração.