As origens do desenvolvimento e suas associações com a plasticidade da linhagem e a resposta ao tratamento na leucemia linfoblástica aguda progenitora de células B (B-ALL) são, em sua maioria, inexploradas. Aqui, integramos o sequenciamento do transcriptoma de célula única (scRNA-seq) de 89 amostras de B-ALL com um atlas de uma única célula do desenvolvimento normal de células B humanas incorporando ensaios funcionais e moleculares. Observamos a correlação dependente do subtipo e da amostra com o estágio normal de desenvolvimento, com a heterogeneidade intra-subtipo e intra-paciente. Mostramos que os subtipos propensos a sair da linhagem B (por exemplo, BCR: :ABL1, KMT2A-R e DUX4-R B-ALL) são enriquecidos para progenitores multipotentes e mostramos que esse estágio de desenvolvimento exibe ativação do CEBPA e retém o potencial mieloide, fornecendo uma explicação mecanicista para essa observação clínica. Desenvolvemos um “escore de multipotência” mais enriquecido em subtipos que exibem plasticidade de linhagem que foi independentemente associada a uma sobrevivência inferior. Assim, os estados multipotentes de B-ALL refletem as origens progenitoras iniciais de um subconjunto de pacientes com B-ALL e podem ser relevantes para a compreensão da mudança de linhagem após quimioterapia ou imunoterapias convencionais.