A organização do genoma desempenha um papel importante no silenciamento de genes compactados e heterocromatinizados no parasita humano mais virulento da malária, o Plasmodium falciparum. No entanto, ainda não está claro como esses genes se agrupam espacialmente ou se os genes ativos também são organizados de uma maneira específica. Usamos o Micro-C para obter mapas de contato DNA-DNA com resolução quase nucleossômica, que revelaram estruturas heterocromáticas e eucromáticas inter e intracromossomicas não descritas anteriormente no parasita em estágio sanguíneo. Observamos estruturas de dobras subteloméricas que facilitam as interações entre genes heterocromatinizados envolvidos na variação antigênica. Além disso, identificamos interações intra e intercromossômicas de longo alcance entre genes ativos específicos do estágio. Ambas as estruturas são mediadas por AP2-P, um fator de ligação ao DNA APIAP2 e um suposto remodelador da cromatina MORC, e a especificidade funcional é alcançada por meio da ligação combinatória com outros fatores de ligação ao DNA específicos da sequência. Este estudo fornece uma visão sobre a maquinaria organizacional usada por esse parasita eucariótico de importância médica para coordenar espacialmente os genes subjacentes à variação antigênica e para coativar genes específicos do estágio.