A cada geração, o genoma humano é embaralhado durante a meiose e um único óvulo fertilizado dá origem a todas as células do corpo¹. Erros meióticos que levam a anormalidades cromossômicas são causas conhecidas de perda de gestação ^2,3, mas as etiologias genéticas da perda euplóide da gravidez permanecem amplamente inexplicadas⁴. Aqui, caracterizamos a diversidade de sequências na perda precoce da gravidez por meio do sequenciamento do genoma completo de 1.007 amostras fetais e 934 amostras parentais de 467 trios afetados pela perda da gravidez (feto, mãe e pai). Genomas parentais sequenciados nos permitiram determinar as origens parentais e meióticas das anormalidades cromossômicas, detectadas em metade do nosso conjunto. Além disso, nos permitiu avaliar mutações de novo em ambos os cromossomos homólogos de pais que transmitem cromossomos extras e datá-las, revelando que 6,6% das mutações maternas ocorreram antes da formação da cromátida irmã nos ócitos fetais. Encontramos um número semelhante de mutações de novo nos trios afetados pela perda de gravidez ao de 9.651 trios adultos, mas três vezes o número de genótipos variantes patogênicos de sequência pequena (<50 pb) nos casos de perda em comparação com adultos. No geral, nossos resultados indicam que cerca de 1 em 136 gestações é perdida devido a um genótipo patogênico variante de sequência pequena no feto. Nossos resultados destacam a grande diversidade de sequências que é perdida no início da gravidez.