Os marcadores de prognóstico do câncer são úteis para decisões de tratamento; no entanto, o cenário em nível ômico não é bem compreendido em vários tipos de câncer. A Análise Pan-Câncer de Genomas Inteiros (PCAWG) fornece acesso sem precedentes a vários tipos de dados moleculares, desde mutações típicas de DNA e expressões de RNA até características mais profundamente analisadas ou genômicas completas, como haplótipos HLA e variações estruturais. Analisamos os dados do PCAWG de 13 tipos de câncer de 1.514 pacientes para identificar marcadores de prognóstico pertencentes a 17 características moleculares na análise de sobrevivência com base nos métodos de regressão de Cox e Lasso. Descobrimos que as características da linha germinativa, incluindo haplótipos HLA, neoantígenos e o número de variações estruturais, estavam associadas à sobrevivência geral; no entanto, as assinaturas mutacionais não estavam. A medição de alguns marcadores forneceu um desempenho prognóstico suficiente avaliado pelo índice c para cada tipo de câncer. Os marcadores de DNA demonstraram um desempenho prognóstico melhor ou comparável em comparação aos marcadores de RNA em alguns tipos de câncer. Marcadores “universais” fortemente associados à sobrevida geral em todos os tipos de câncer não foram identificados. Essas descobertas fornecerão informações sobre a implementação clínica de marcadores de prognóstico.

Palavras-chave: Genômica do câncer; Análise do pan-câncer; Marcador de prognóstico; Análise de sobrevivência.