O líquido cefalorraquidiano (LCR) beta amiloide (Aβ42), tau total (t-tau) e tau fosforilado (p-tau181) são marcadores bem aceitos da doença de Alzheimer. Realizamos uma meta-análise GWAS incluindo 18.948 indivíduos de ascendência europeia e 416 não européias. Identificamos 12 loci significativos em todo o genoma em todos os três biomarcadores, oito deles novos. Replicamos a associação dos biomarcadores do LCR com APOE, CR1, GMNC/CCDC50 e C16orf95/MAP1LC3b. Os novos locais incluíram BIN1 para Aβ42 e GNA12, MS4A6A, SLCO1A2 com t-tau e p-tau181, bem como locais adicionais no cap. 8, perto de ANGPT1 e chr. 9 perto de SMARCA2. Também demonstramos que essas variantes não estavam associadas apenas ao nível de LCR dos três biomarcadores, mas também mostraram associação significativa com risco de DA, progressão da doença e/ou amiloidose cerebral. Os genes associados estão implicados na APOE independente do metabolismo lipídico, bem como na autofagia e na regulação do volume cerebral impulsionada pela desregulação de t-tau e p-tau181.