O ponto central da simbiose leguminosa-rizóbio é a formação de simbiossomos semelhantes a organelas, onde os bacteróides fixadores de nitrogênio são envolvidos por uma membrana simbiossomática derivada do hospedeiro. Isso cria o espaço do simbiossomo, que se assemelha topologicamente a um compartimento apoplástico dentro da célula.